El archivo del Centro de Estudios es sumamente variado. Su característica es el acopio de manuscritos mexicanos. No obstante en la colección se encuentran algunos documentos de gran interés universal. Destacan uno formado por la reina Isabel la Católica, fechado en Valladolid en 1491, y la Ordenanza de Cristóbal Colón de 1493, única en su tipo en América. La colección documental del archivo está dividida en fondos identificados en número romano. Cada uno agrupa diversas posibilidades que pueden contener documentos manuscritos, impresos, copiadores o fotografías y microfilmes. Los fondos cubren un orden cronológico y varían desde 1491 hasta 1999 inclusive. Incluyen la etapa virreinal, la guerra de Independencia, la historia del siglo XIX, el Segundo Imperio, gran parte del gobierno de Porfirio Díaz. La Revolución Mexicana y el siglo XX. Archivos de origen privado, de artistas o literatos. | 
Portada de La historia general y natural de las Indias de Gonzalo Fernández de Oviedo. Primera edición, 1535. |
Portada de la Historia de la Nueva España de Antonio de Solís (Madrid, 1864), en la que se narra la conquista de México. | Los fondos que son de variada índole se conjuntan en las Adquisiciones Diversas y las colecciones específicas de personajes protagónicos como Lucas Alamán, Enrique C. Creel, Porfirio Parra, Francisco León de la Barra, Venustiano Carranza, Pablo González, Manuel W. González, Félix Díaz, Federico González Garza, Luis Montes de Oca, Antonio Carrillo Flores y Luis Chávez Orozco, Luis Gutiérrez y Juan Sánchez Azcona. Además de los fondos documentales del archivo el Centro resguarda también una fototeca que alberga distintas colecciones como la Hancock, la Venustiano Carranza de José Mendoza; la de Federico González Garza, la de Pablo González, la del movimiento cristero, Antonio Rius Facius. |